| |
| PROTEOMIQUE : Développements méthodologiques et applications |
| Développement méthodologiques |
Outre les objectifs classiques (tels que la détection des protéines minoritaires, des protéines hydrophobes,…), l’objectif principal de la plate-forme est la mise au point de méthodologies et de stratégies analytiques nouvelles permettant non plus l’identification des protéines, mais leur complète caractérisation, y compris les modifications post-traductionnelles en décrivant leurs éventuelles hétérogénéités.
|
| Dans l’état actuel des techniques, il est rare que dans les études protéomiques les identifications de protéines se fassent avec des recouvrements de séquence de plus de 50%. L’objectif ultime est d’atteindre 100% de recouvrement de séquence (ce qui correspond au terme de «caractérisation»). Une caractérisation complète des protéines dans les études protéomiques apporterait en biologie les informations moléculaires de détail qui sont souvent nécessaires pour mieux comprendre de nombreux mécanismes biologiques. |
| Les développements en cours concernent en particulier : |
| • Les méthodes de chromatographie (LC-LC, nano-chromatographie, nano-Chip) |
| • Les méthodes de préparations d’échantillon (déplétion, fractionnement) |
| • L’optimisation des séquences de balayage MS/MS |
| • La bio-informatique pour le séquençage de novo à haut débit, les recherches dans les banques génomiques à haut débit et l'utilisation de moteurs de recherche en «open source» |
| La plate-forme n’est volontairement pas spécialisée dans un type de problématique biologique. Elle aborde des thématiques très différentes (mécanismes biologiques fondamentaux, maladies infectieuses, cancer, métabolisme,…). Elle développe des stratégies qui peuvent être utilisées pour des études protéomiques des microorganismes, plantes, animaux, hommes et qui sont réalisées sur des lignées cellulaires, des xénogreffes, des tissus, des fluides biologiques. Elle réalise donc des études sur tous les types d’échantillons biologiques, ce qui lui permet d’avoir une vaste expérience pour le prétraitement des échantillons et les stratégies analytiques à suivre. |
| La réalisation de nombreux projets a été particulièrement incitative pour initier des développements méthodologiques importants. C’est le cas, en particulier, des projets suivants : |
| • Validation et correction des annotations de plusieurs génomes (mycobactéries, organismes monocellulaires) |
| • Découverte d’un nouveau biomarqueur membranaire de lymphomes |
| • Protéomique et peptidomique chez l’animal en situation de jeûne et de réalimentation rapide |
| • Caractérisation globale du protéome de la graine de betterave |
| • Métaprotéomique de communautés de bactéries |
| | |
| |
|